孙恩（？～402），东晋五斗米道道士和起义军首领，字灵秀。祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孙泰（字敬远）奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师。杜子恭死后，孙泰继传杜子恭道法，受人敬信。
东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。在隆安二年（398）爆发王恭之乱时，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人准备起事，但未能成行，被司马道子父子诱斩及其六子后逃入海岛。
在隆安三年中，当会稽王世子、扬州刺史司马元显发动“乐属”政策移京师充兵役时，民心骚动之际，孙恩趁机率众从海岛攻克上虞，再破会稽杀内史王凝之，并迅速占领了会稽八郡人民群起响应，使得他的起义军达到数十万人。此时，他自称“征东将军”，置立官职，并号其徒众为“长生人”。
随着内外戒严的加强，以及谢琰率重兵讨伐的压力，一度有妇女囊簏盛婴儿投水以示不愿生活于战乱中的景象。隆安四五年间，其部下与官军继续激战，但因给养困难及疫病流行导致大量死亡，最终在元兴元年（402）三月进攻临海失败后，他选择自沉海中，以至于信徒认为他已成“水仙”，投水而死者百余人。
此事件引发了对天地水三官信仰以及对长生久视之道的追求，对当时社会产生深远影响，同时也促使了冠谦之、陆修静等人物对于 道教改革以及南北天师道出现的探索。这段历史被《隋书·经籍志》记载，有著作《孙恩集》五卷，但已散失不见。
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