宋金元时期，道教医家在传统医学建设中扮演了重要角色，他们在方剂、药物学方面取得显著成就，并致力于古籍注释与整理工作。他们的养生理论也得到了创新。在全真道创始人王重阳身上，就体现出了高超的医疗技能。关于王重阳的医术，有诗赞之：他不仅能治愈疾病，还能使人达到精神上的境界。他的弟子马钰同样精通医药，尤其擅长针灸，他所著《马丹阳天星十二穴治杂病歌》深受推崇。
全真七真之一刘处玄创立了随山派，这一派极为重视医疗，以修“积善之基”为宗旨。他不仅行医，而且致力于救人的同时修炼。这一点在《甘水仙源录》中有详细记载，其中提到刘处玄的学生崔道演，在家乡韦家墅下开设了一所医院，不收取任何费用，因此四远无夭折，而贫穷者反而多所给助。
邱处机对全真道的传播和发展贡献巨大，同时他也精通中医学理论，对服用外炼丹药企求长生予以否定。他有一句修道真言：“有卫生之道，而无长生之药。”这句话表明，无论如何都不能忽视身体健康和预防疾病，而应该寻找合适的摄生方法来保持健康。
邱处机还撰写了《摄生消息论》，根据《素问·四气调神大论》的医学思想阐述了养生的原则，强调顺应四季阴阳变化规律，以及从精神、意志、饮食、起居、衣着等方面进行养生的指导。在宋代，由于科技发展迅速，道教医学也有许多创新，其养生学领域出现了一批影响深远的著作，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。
金元时期，又出现了被称为“金元四大家”的刘完素、张从正、李杲和朱震亨，他们各自提出了不同的治疗方法，但都对后世产生了重大影响。其中刘完素是位道教医家，他提出的“火热论”自成一派，以降心火益肾水为主，用寒凉药物清热通利，被后人称为“寒凉派”。
北宋时期， 道士参与编纂官方医书，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些书籍临床应用价值很高。而且，在脉学领域，也有许多建树，如张伯端对奇经八脉研究做出了新的见解，大大丰富了传统经络学说。此外还有西原脉学流派，其代表人物崔嘉彦建立了一套独特的辨脉辨证体系，即“四脉为纲”，并由此形成一个独立流派，该流派至今仍被广泛应用。
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