在宋金元时期，道教医家不仅在方剂、本草研究上取得了显著成就，而且在养生理论的建设方面也有所创新。全真道创始人王重阳以其卓越的医疗技能闻名遐迩。他的高足马钰更是精通医药，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。刘处玄创立的随山派也非常重视医学，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机对全真道传播和发展贡献巨大，他不仅精通中医学理论，还反对服用外炼丹药追求长生。
邱处机有一句修道真言：“有卫生之道，而无长生之药。”这句话意味着有保持健康与预防疾病的方法，但没有使人永生的秘方。在一次访问元太祖成吉思汗时，邱处机以此观点获得了成吉思汗的敬重，并被任命为掌管天下道教的人物。这一举措奠定了全真教在元代的大发展基础。此外，邱处机还撰写了《摄生消息论》，阐述了一系列养生的原则和方法。
宋代是中国古代科技发展的一个鼎盛时期，在这期间，道教医学也出现了一系列创新，不仅在养生学领域，更是在中医学理体系上得到了完善和科学化。除了邱处机的《摄生消息论》以外，还有一些其他影响深远的作品，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，由飞撰写的一部著作——《三元延寿参赞书》，从多个角度探讨了养生的科学性和实用性，对后世产生了重大影响。
金元四大家，即刘完素、张从正、李杲、朱震亨，他们各自都有自己的治疗思想与临床实践，为中国传统医学发展带来了新的局面。而刘完素，以“火热论”自居，其治疗法则强调降心火益肾水，用药多以寒凉清热，这便形成了后来的“寒凉派”。
北宋时期，道士们积极参与编纂官方医书，如《开宝新详定本草》及《太平圣惠方》，这些工作对于提高临床应用价值具有重要意义。此外，还有一些值得注意的地 方书籍，如寇宗奭所著《本草衍义》的二十卷版本，以及李駉研究过并注解过黄帝八十一难经的地方文献。
在脉学领域，也出现了一系列新的见解，比如张伯端关于奇经八脉分布路径上的新看法，以及崔嘉彦建立“四脉为纲”的辨脉辨证新体系。他通过简明易懂的手法将脉象、三部、五脏结合起来，使得这一理论更加系统且易于理解。
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