在宋金元时期，道教医家积极参与传统医学的建设，在方剂、本草方面有突出贡献。在古籍注释整理等方面做了大量工作，并在体现自身特色的养生理论建设方面也多有创新。全真道的创始人王重阳身怀医疗绝技，其高超医技得到道门赞誉。全真派宗师马钰精通医药，尤其擅长针灸之术。
同为全真七真的刘处玄，其所创立的随山派十分重视医术，以行医救人修“积善之基”。邱处机对全真道的传播和发展功绩最大，也十分精通传统中医学理论，重视传统中医药在修道养生的作用。
邱处机对养生之道的阐释极为符合医理，因此能赢得成吉思汗的敬重。在东返时，他被命掌管天下道教，并免除道门差役赋税。这奠定了全真教在元代大发展的社会基础。
宋代是我国古代科技发展的鼎盛时期， 道教医学也有许多创新。在养生学领域，养生理论与方法逐渐完善，体系日趋合理和科学化。出现了一批有影响力的道教医学养生著作，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等，其中《三元延寿参赞书》最具特色和代表性。
刘完素、张从正、李杲、朱震亨等四人号称“金元四大家”。他们提出了新的治疗方法，对中国传统医学发展产生了重要影响。北宋时期，道士积极参与了官方编修工作，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些都对后世产生了深远影响。
此外，还有一些脉学专著如《八脉经》（张伯端）、《脉诀》（崔嘉彦）等，对脉学研究做出了重大贡献。崔嘉彦建立了“四脉为纲”辨脉辨证新体系，这一流派至今仍被认为是中医诊断的一个重要部分。
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