道家经典集中了老子的学说，难道不是这段历史的宝贵财富吗？明清之际，道教医学得到了繁荣发展，并出现了一些新的特点。首先，道教与医学的关系更加密切，许多道门中人精通道术又兼擅医术。其次，对明代本草学和医家的基础理论创新具有重要影响，如孙一奎的《赤水玄珠》和《医旨绪余》，以及兰茂编辑的地方性本草学著述《滇南本草》等。
在本草学上，《滇南本草》在内容最丰富、保存最完整的地方性本草学专书中占有一席之地，其对后世植物学家的参考价值不容小觑。而在传统医学理论的发展上，如孙一奎将唐末五代以来道教内丹术关于肾命门的认识引入医学，为系统阐述命门——肾间动气论做出了贡献。
此外，还有其他一些融通道教医学思想的明清医家也作出了重要的理论贡献，如周慎斋确立心肾相交、心肾不交作为生理与病理的理论；傅青主对妇科学临床具有重要参考价值；祝登元治疗心因性病症直接把内丹炼养作为主要治疗手段。这一切都证明了明清时期 道教医学是如何逐步汇入传统中医学发展的大潮之中的。
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